这份回函还透露，该院询问当时该案审查批准逮捕、审查起诉报送环节的承办人员，已无法回忆起办理该案时作案工具的移送、保存、处理等情况，询问1993年以来的历任公诉科科长，也均无法回忆清楚该案作案工具的移交、处理等情况，该院未能找到杨徐邱案作案工具。
2020年12月，永平县公安局就《大理州人民检察院调取证据材料通知书》作出情况说明：“作案工具锄头一把的问题，我局在对本局物证保管室多次查找的同时，还安排专人到省、州公安机关查找，目前未能查找到。我局将继续开展对该案作案工具的查找工作，如查找到后立即送检。”
在作案工具未能找到的同时，一些补充侦查结果还显示，该案中杨徐邱的供述与尸检报告等存在矛盾。
2020年11月，永平县公安局做的相关报告显示，杨徐邱当年的供述与尸检报告、现勘笔录等存在不能完全印证甚至不能印证的情形。
例如，杨徐邱供述，李某某在反抗的时候，他向李某某的左边背部和肋部连捅了三刀。而尸检报告记载“死者背部共有两个创口，左肩胛部一个，左腰部一个”，尸体背部创口数与供述刀数不完全印证。
杨徐邱还供述，他冲过去向李某某的胸部和肚子杀了3刀。而尸检报告记载“死者左胸部有两个创口”，尸体胸部创口数与供述刀数不完全印证。
相关报告还显示，杨徐邱供述李某某“穿一件红色圆领针织内衣”与尸检照片死者“白底起花内衣”在颜色上不相符。
《中国新闻周刊》了解到，大理州检察院一位检察官曾表示，云南省高院将此案发回大理州中院重审后，大理方面做了很多证据补充工作。
大理州检察院对当年参与审讯过杨徐邱的永平警方办案人员做过询问笔录。他们均表示对杨徐邱的审讯合法合规，其中一名办案人员强调，他们对杨徐邱的讯问笔录做过核对，笔录很完整，讯问笔录未被涂改。
这名检察官本人还曾多次前往坡脚村走访，多次去被害人李某某丈夫张兴良（阿良）家走访，对该案进一步核实。
为了确认当年的匿名举报信书写者是谁，永平县公安局委托大理州公安局司法鉴定中心，把重新采集到的坡脚村四十余人的笔迹材料送检，得到的答复均为样本与匿名信笔迹不一致。
上述检察官坦言：“有些证据在案发后3个月内都没收集到，现在时隔30年左右再收集，难度确实很大。”
9月4日，杨徐邱展示其拿到的本案再审一审《刑事判决书》。
